それにしてもこれらの商品の品質が心配だ。この「ナットウキナーゼ商品」について化學分析を行ったところ、ほとんどナットウキナーゼは含まれておらず、あったとしても微々たるものであることがわかった。しかし、免稅店は「分析結果については、間違った結果であると信じている。」と表明している。そこで日本メディアは別の分析機関にナットウキナーゼ簡易判別法（ＩＢｏｘ法）でこの健康食品を再鑑定した。その結果「ほとんどナットウキナーゼは検出できない」ことがわかった。日本食品分析センターの後藤浩文博士は、「このような結果に対して、それでも免稅店が納豆から抽出されるその他の成分が含まれていることから、これもナットウキナーゼに屬すると考えるのは當然と主張するのはいかにも狡猾だ。日本の商品は高価だが品質は出來る。」と語る。