釣魚島問題は日本経済にも影響している。米國の経済週刊誌「ビジネスウィーク」は7日、JPモルガンの報告を引用し、中日の貿易総額は3400億米ドルに上るが、中日間の領土紛爭の激化は日本の輸出減少につながり、日本を訪れる中國人観光客も減少していると伝えた。JPモルガン証券の管野雅明チーフエコノミストと足立正道シニアエコノミストは、日本の第4四半期の國內総生産（GDP）の予測を橫ばいからマイナス0.8％に下方修正した。また、JPモルガン、モルガン?スタンレー、BNPパリバは、2012年8月の日本の輸出は前年同期より5.8％減少し3カ月連続のマイナス成長となり、中國への輸出は9.9％減少、歐州連合（EU）への輸出は22.9％減少すると予想。日本経済は12年第3、4四半期も引き続きマイナス成長になる見通し。

中でも自動車産業への影響は大きい。米放送局CNBCは8日、中國の消費者の反日活動により日本ブランドは避けられる傾向にあり、第3四半期の中國への自動車輸出は70％減、部品輸出は40％減になる見通しだと伝えた。マツダはこのほど、9月の中國での売り上げが35％低下したと発表。三菱自動車の9月売り上げは前年同期比63％低下、トヨタ自動車の8月納入臺數は50％減少した。AFP通信は同日、中日関係の緊迫狀態が続いていることから、日本3大自動車メーカーの日産、ホンダ、トヨタは國慶節の大型連休後に中國での生産臺數を半分に減らす方向で検討すると報じた。日産は夜間操業を停止し、トヨタとホンダは生産ラインの稼働時間の短縮、作業速度の減速などを検討するという。1カ月間続けた場合、3大メーカーの減産臺數はそれぞれ3～4萬臺になる。